โรงเรียนวัดหนองคล้า เริ่มจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 25 พฤษภาคม พ.ศ.2479 เป็นโรงเรียนสาขาของโรงเรียนวัดจุกกะเฌอ มีนายประชุม ติระนานนท์ เป็นครูใหญ่ และอาศัยศาลาการเปรียญวัดหนองคล้าเป็นสถานที่จัดกิจกรรมการเรียนการสอน เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-4 มีนักเรียนรวม 30 คน ครู 1 คน ต่อมาในวันที่ 3 มกราคม พ.ศ.2481 ได้ยกระดับเป็นโรงเรียนเอกเทศ ใช้ชื่อว่า “โรงเรียนประชาบาลวัดหนองคล้า” และได้จัดสร้างอาคารเรียนแบบ ป.1 ก. โดยประชาชนได้ร่วมกันบริจาคเงินและดำเนินการจัดสร้าง เป็นเงิน 70,000 บาท โดยที่ดินได้รับบริจาคจากวัดหนองคล้า ตั้งอยู่ในเขตพื้นที่ราชพัสดุ แปลงหมายเลขที่ ชบ. 86 มีพื้นที่ 5 ไร่ 3 งาน  
         - วันที่ 2 มิถุนายน พ.ศ.2487 นายชวน ศรสถิตย์ ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ 
         - วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ.2509 ได้รับโอนจากกระทรวงศึกษาธิการ มาขึ้นกับองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรี กระทรวงมหาดไทย 
         - วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ.2515 นายจันทร์ดี พิมพ์งาม ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่
         - วันที่ 1 พฤษภาคม พ.ศ.2517 ได้เปิดใช้อาคารเรียนใหม่ เรียกชื่อโรงเรียนใหม่ว่า “โรงเรียนวัดหนองคล้า (ประชาราษฎร์บำรุง)” 
            มีนักเรียนทั้งสิ้น 170 คน 
         - วันที่ 6 พฤษภาคม พ.ศ. 2518 นายบรรจง อินทร์รอด ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่
         - วันที่ 8 มิถุนายน พ.ศ. 2521 นายถาวร รักษ์บำรุง ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และได้เปิดทำการสอนชั้นประถมศึกษาปีที่ 5         
         - ปี พ.ศ.2511 เปิดทำการสอนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6
         - วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ.2523 ได้โอนจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรี กระทรวงมหาดไทย กลับไปขึ้นกับสำนักงานคณะกรรมการ
           การประถมศึกษาแห่งชาติ กระทรวงศึกษาธิการ นายถาวร รักษ์บำรุง ได้รับการปรับปรุงการกำหนดตำแหน่งเป็นอาจารย์ใหญ่ตาม
           หลักเกณฑ์ปกติ
         - ปี พ.ศ.2533 ได้รับจัดสรรงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช. 103/26 จำนวน 4 ห้องเรียน เริ่มก่อสร้างเมื่อวันที่ 10 มีนาคม
           พ.ศ.2533 และเริ่มใช้งาน เมื่อวันที่ 12 ธันวาคม พ.ศ.2533 
         - วันที่ 15 ธันวาคม พ.ศ.2535 นายคูณ ช่างไม้ ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ และในปี พ.ศ. 2535 นี้ ได้รับประกาศให้อยู่ในเขต
            พื้นที่เทศบาลตำบลแหลมฉบัง
         - วันที่ 28 กันยายน พ.ศ.2538 นายเฉลิมศักดิ์ ทองสืบแสง ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ และในปี พ.ศ. 2538 ได้รับจัดสรร
           งบประมาณจัดสร้างอาคารเรียน แบบ 105/29 ใต้ถุนสูง จำนวน 4 ห้องเรียน
         - วันที่ 2 ตุลาคม พ.ศ.2543 นายโกศล ดาราพิสุทธิ์ ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่
         - วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ.2546 นายโกศล ดาราพิสุทธิ์ ได้รับการปรับปรุงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนตามหลักเกณฑ์คุณภาพ
         - วันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ.2546 โอนไปสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาชลบุรี เขต 3 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
         - วันที่ 30 กันยายน พ.ศ.2550 นายโกศล ดาราพิสุทธิ์ ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบึงศรีราชาพิทยาคม สพท.ชลบุรี
            เขต 3   
         - วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ.2550 นายกันตทัช บุตรคำ ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านหุบบอน สพท.ชลบุรี เขต 3 ได้ย้ายมาดำรงตำแหน่ง
            ผู้อำนวยการโรงเรียน
         - วันที่ 17 สิงหาคม พ.ศ.2553 โอนไปสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาชลบุรี เขต 3 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษา
           ขั้นพื้นฐาน
         - วันที่ 5 พฤศจิกายน พ.ศ.2558 นายสามารถ สอดทรัพย์ ผู้อำนวยการโรงเรียน บ้านพันเสด็จนอก สพป.ชลบุรี เขต 3 ได้ย้ายมาดำรง
            ตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียน 
         - ปีงบประมาณ 2559 ได้รับการจัดสรรงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช.105/29 แบบปรับปรุง 4 ห้องเรียน (ใต้ถุนโล่ง) 
         - ปีงบประมาณ 2561  ได้รับการจัดสรรงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช.105/29 แบบปรับปรุง 10 ห้องเรียน (ชั้นบน 5 ห้อง
           ชั้นล่าง 5 ห้อง) 
         - ปีการศึกษา 2560 ได้รับการสนับสนุนการพัฒนาคุณภาพห้องสมุด ห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์
           จากโครงการเพื่อสังคม บริษัทไทยซัมซุงอิเลคโทรนิกส์ ประเทศไทย (จำกัด)
         - ปีงบประมาณ 2560 ได้รับการจัดสรรงบประมาณจัดซื้อครุภัณฑ์ห้องปฏิบัติการวิทยาศาสตร์ ระดับประถมศึกษา จากสำนักงานคณะ
           กรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
         - ปีการศึกษา 2561 ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากมูลนิธิ ดร.เทียม โชควัฒนา ในการจัดซื้อหนังสือเข้าห้องสมุด
         - ปีการศึกษา 2561 ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากท่าเรือแหลมฉบัง ในการจัดซื้อเครื่องคอมพิวเตอร์ สำหรับการสืบค้นในห้องสมุด
           และหนังสือเข้าห้องสมุด
         - ปีการศึกษา 2561 ได้รับการสนับสนุนการพัฒนาโรงเรียนจากชุมชนบ้านหนองคล้าเก่า ในการปรับปรุงซ่อมแซมห้องน้ำนักเรียนระดับ
           ชั้นอนุบาล   
         - ปีงบประมาณ 2562 ได้รับการจัดสรรครุภัณฑ์ดนตรีไทย และครุภัณฑ์ดนตรีพื้นบ้าน จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน
         - ปีการศึกษา 2562 ระดมทรัพยากรจากชุมชน ภาคเอกชน บริษัทไทยซัมซุงอิเลคโทรนิคส์ จัดทำห้อง Samsung STEM Education
           ระดับปฐมวัย ที่มีความพร้อมเป็นแหล่งเรียนรู้ด้านวิทยาศาสตร์ ตามโครงการบ้านนักวิทยาศาสตร์ และแนวทางบูรณาการ STEM เป็น
           แหล่งเพาะต้นกล้าทางด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีสู่สังคม
         - ปีการศึกษา 2563 ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากกองทุนพัฒนาไฟฟ้า จังหวัดชลบุรี 1 ในการต่อเติมหลังคาด้านหน้าอาคารเรียน
           สพฐ.2559 ทำหลังคาคลุมยื่นออกจากตัวอาคารลักษณะอาคารโดม เพื่อใช้ในกิจกรรมบูรณาการระดับปฐมวัย
         - ปีงบประมาณ 2564 ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากกองทุนพัฒนาไฟฟ้า จังหวัดชลบุรี 1 ในการก่อสร้างเวทีกิจกรรมนักเรียน.
           โรงเรียนวัดหนองคล้า
         - ปีงบประมาณ 2564 ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากกองทุนพัฒนาไฟฟ้า จังหวัดชลบุรี 1 ในการขยายเขตไฟฟ้าโรงเรียนวัดหนอง
           คล้า
         - ปีการศึกษา 2564 ได้รับรางวัลสถานศึกษาพระราชทาน ระดับก่อนประถมศึกษา ขนาดกลาง เข้ารับพระราชทานรางวัล ณ ศาลาดุสิดา
           ลัย สวนจิตรลดา พระราชวังดุสิต สร้างความภาคภูมิใจให้กับโรงเรียน ชุมชน และผู้มีส่วนเกี่ยวข้องทุกฝ่าย
         - ปีงบประมาณ 2565 ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากท่าเรือแหลมฉบัง ในการจัดซื้อครุภัณฑ์ดนตรีไทยสำหรับฝึกทักษะความสามารถ
            ทางสุนทรียศาสตร์ด้านดนตรี
         - ปีงบประมาณ 2566 ได้รับการสนับสนุนงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียนจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรี แบบ 4 ชั้น 12 ห้องเรียน
           (ใต้ถุนโล่ง) งบประมาณ 12,490,000 (สิบสองล้านสี่แสนเก้าหมื่นบาทถ้วน) โดยใช้ชื่อว่า “อาคารองค์การบริหารส่วนจังหวัดชลบุรี
            พ.ศ.2565” 
         - ปีงบประมาณ 2566 ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากกองทุนพัฒนาไฟฟ้าจังหวัดชลบุรี 1 ในการต่อเติมหลังคาอาคารกัลยาณมิตร
            อนุสรณ์ (อาคารโดม) โดยทำเป็นหลังคายื่นคลุมกันสาด ความกว้าง 6.00 เมตร ตลอดความยาวอาคาร
         - ปีงบประมาณ 2567 โรงเรียนผ่านการประเมินคุณภาพภายนอก รอบที่ 5 ระดับคุณภาพ “ดีเยี่ยม” ทั้งระดับการศึกษาปฐมวัย และระดับ
            การศึกษาขั้นพื้นฐาน จากสำนักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (องค์การมหาชน) (สมศ.)
         - ปีงบประมาณ 2568 โรงเรียนได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนกลุ่มวิจัยการใช้หลักสูตรระดับการศึกษาปฐมวัย พ.ศ.2568
         - และหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ.2568 ระดับประถมศึกษาตอนต้น (ป.1-3) จากสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน   
         ผลจากการพัฒนาคุณภาพการศึกษา และอัตราการขยายตัวทางเศรษฐกิจชุมชน ส่งผลต่อจำนวนนักเรียนที่เพิ่มขึ้นเป็นลำดับ โรงเรียนเร่งรัดในการเตรียมความพร้อมและการปรับปรุงพัฒนาอาคารสถานที่ สิ่งแวดล้อม และสภาพแวดล้อมทางการเรียนทุกด้าน การพัฒนาคุณภาพด้านผู้เรียนให้มีความสามารถในความรู้ ทักษะ คุณลักษณะ และค่านิยม พร้อมเรียนรู้และศึกษาต่อ และเป็นพื้นฐานในการดำรงชีวิต และการประกอบอาชีพในศตวรรษที่ 21 ดำเนินการอย่างต่อเนื่องโดยได้รับความร่วมมือจากทุกฝ่ายที่เกี่ยวข้อง และในปีการศึกษา 2568 โรงเรียน ชุมชน ผู้ปกครอง และผู้เกี่ยวข้อง มีความประสงค์ในการเสนอขอรับการประเมินสถานศึกษาพระราชทาน ระดับก่อนประถมศึกษา ขนาดกลาง ปีการศึกษา 2568 เพื่อรักษามาตรฐานเพื่อความยั่งยืนต่อไป